赫尔曼等(1996)采用了基于重亚硫酸盐处理的新方法。该法灵敏度高，主要用于定性研究。基因组DNA采用亚硫酸氢盐处理后，所有未发生甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，但胞嘧啶甲基化不变;随后针对甲基化和非甲基化序列设计PCR引物。对MSP扩增产物进行电泳检测，若以处理后的DNA甲基化引物为靶点，可获得扩增片段，表明其存在甲基化;反之，则表明所检测的位点没有甲基化。用途广泛，可用于检测特定位点是否发生甲基化。
亚硫酸氢盐测序(BisulfitesequencingPCR,BSP)
由亚硫酸氢盐修饰后测序方法(BSP),Frommer等(1992)提出的DNA甲基化研究方法，该方法具有较高的可靠性和精确度，可以确定目标片段各CpG位点的甲基化状态。基因组DNA采用亚硫酸氢盐处理后，所有未发生甲基化的胞嘧啶转变为尿嘧啶，而未发生甲基化的胞嘧啶没有变化。然后设计BSP引物用于PCR，扩增后的尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，后对PCR产物进行序列测定，以确定CpG位点是否发生甲基化，即所谓的BSP-直接测序。通过将PCR产物克隆到载体上进行序列测定，可以提高测序的成功率，这种方法被称为BSP-序列测定法。
特点：高度精确，能准确检测甲基化程度百分比。
脱氧核糖核酸甲基化是基因表达调控的重要机制，检测脱氧核糖核酸甲基化意味着要用多种方法来检测肿瘤细胞DNA甲基化程度。恶性病变发展过程中，甲基化状态并非一成不变，肿瘤细胞内全基因组甲基化水平的降低与疾病的进展、肿瘤的大小及恶性程度密切相关，DNA甲基化检测对于判断肿瘤的恶性程度具有重要意义。
检测流程步骤
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